День добрый, Илья
Извините за задержку с ответом.
Информации очень мало, какие запросы упали, на каких позициях были раньше и т.д.
Наиболее вероятная причина падения трафика и выпадения запросов - фильтр Яндекса. На сайте есть явные признаки переоптимизации (выделения ключевых слов в тексте, ссылки с продвигаемым анкором с внутренних страниц на главную, например в футере). Напишите в поддержку Яндекса, чтобы подтвердить или опровергнуть эту версия.
Перед тем как писать обязательно уберите выделение ключевых слов (<strong>) со всех страниц сайта. Также снимите или поменяйте анкоры на внутренних ссылках, ведущих на главную. Анкоры в таких ссылках сейчас, явно расчитанны, на то чтоб увеличить вес страницы по продвигаемым запросам – искусственно повлиять на результаты ранжирования.
В письме вы можете указать, что провели работы над тем, что бы сайт соответствовал требованиям Яндекса и просите подсказать все ли сейчас нормально с сайтом.