Уже в который раз сталкиваюсь с одной и той же проблемой на продвигаемых сайтах.

Сайты достигают, высоких позиции (ТОП5- ТОП 10) по продвигаемому запросу, после чего главная страница пропадает из выдачи, а на гораздо более низких позициях (20 -40 места) оказывается второстепенная страница сайта.
Однако если задать область поиска (регион) к которому привязан сайт - включив его в запрос :
"продвигаемый запрос+город (наприм. Москва, в Москве)" или отметив соответствующий чекбокс - главная страница снова в топе.

В чем может быть причина?

День добрый, Роман.
Не видя сайт, запрос рассуждать можно только теоретически.

1. Посмотрите запрос, который Вы вводите, геозависимый или нет.
https://company.yandex.ru/technologies/regions/

2. Сравните главную страницу и внутреннюю. Нет ли проблем с главной возможно она не достаточно релевантна. 

3.Сравните Топы Яндекса по запросам с добавлением региона и без. Сильно ли они отличаются? Количество «морд» в Топе? Контент страниц в Топе?

4. С привязкой сайта к региону в панели Яндекс вебмастера скорей всего все в порядке, но на всякий случай проверьте тоже.

5. Если в результате этих сравнений Вы не найдете причину, напиши в тех. поддержку Яндекса. Есть вероятность, что это ошибка  алгоритма.

Александр, спасибо за ответ.

Понимаю, что не видя сайта (сайтов)  сложно говорить что-то конкретное, но я и не жду от вас бесплатного seo-аудита  🙂

Как я уже сказал такая ситуация у меня уже на втором сайте поэтому предполагаю, что ошибка где-то в используемых мною методах продвижения.

Как вариант низкая уникальность текста на главной (сейчас заказал написание нового текста).

Еще одно подозрение - оба сайта провигалисьт по небольшому кол-ву запросов 4-5 привязанных к главной и ссылки закупались практически только на главную. Могло ли это стать причиной налажения фильтра на главную страницу?

Еще раз спасибо зав ваш ответ.

День добрый, Роман

Мне кажется, что причина скорей в качестве сайтов в целом, возможно в переоптимизации. Думаю, что чисто технические проблемы или распределение ссылок — менее вероятные причины.  Но, как и говорил, это рассуждения теоретические, без привязки к конкретному сайту.