Такая ситуация часто связанна с внутреними дублями или наличием в индексе Google тех. страниц.
Проверьте в панели инструментов для вебмастеров Google раздел ("Оптимизация HTML") на наличие сообщений об одинаковых мета-данных. Так можно будет найти на сайте дубли.
Если причина в служебных страницах попавших в индекс, то запретить их индексацию можно при помощи мета-тега noindex
https://support.google.com/webmasters/answer/93710?hl=ru
Яндекс не сообщает, о наличие санкций. Но может подтвердить в случае обращения в тех. поддержку.