Трудно даже сформулировать имеющийся вопрос.Хочется просто спросить :"что не так с сайтами?" interkom-l.ru и ufa.interkom-lru - поддомен появился недавно в сети и только одна страница заиндексирована,продвигать нужно поддомен,своих текстов ноль(пока,но будут). Интересно: как должно быть правильно в двух одинаковых,но регионально разных сайтах?

Как я понимаю сайты сейчас отличаються только адресами представительств. При этом на поддомене https://ufa.interkom-l.ru/ мне пишут, что "Ваш город: Челябинск". Это не так ))).

Для того чтобы поддомен нормально индексировался он должен нести уникальное предложение для жителей Уфы. Например, доставка, скидки, акции, новости регионального представительства, отзывы жителей города и т.п. В противном случае,с точки зрения Яндекса, в наличие  поддомена нет смысла.

Возможно в Вашем случае, лучше будет добавить нужный регион через Яндекс каталог и продвигать основной сайт.