Добрый день!
Вам следует создать новый аккаунт в Яндексе и попросить руководителя делегировать права на управление сайтом этому аккаунту.
В вебмастере, в левом меню, есть ссылка "Права на управления".
Нужно перейти по ней.
В строке "Делегировать права", руководитель указывает Ваш новый аккаунт, после чего, вы у себя в аккаунте добавляете сайт - все, права на управление получены. Теперь вы можете работать с вебмастером сайта так же как и ваш руководитель.