Недавно я подключился к партнёрке Яндекс.Отзывы и на мой
сайт стали появляться ссылки с maps.yandex.ru со страниц вида

https://maps.yandex.ru/org/1177075903/

Т.е. на мой сайт сразу появится множество (тысячи) ссылок с одного
домена maps.yandex.ru, что делать чтобы не попасть под филтр гугла?

ссылки не спамные, не купленные, но их много в короткий период.

Ничего страшного в появление большого количества таких ссылок  нет.
Сервис авторитетный ссылки безанкорные, наверняка алгоритм  видит, что подобная ситуация возникает не только у Вас. Давать 100% гарантии конечно не могу, но вероятность санкций за подобные ссылки очень низкая.
Теоретически , можно воспользоваться инструментом  отклонения ссылок. Но при таком подходе логично отказываться от практически всех  ссылок, а Google продолжают учитывать  их при ранжирование.