Насколько я понимаю, Google прекрасно индексирует сайты на Java Script, а вот Яндекс только в ноябре 2015 начал индексировать JS и то, в тестовом режиме https://webmaster.ya.ru/replies.xml?item_no=21369.

Вопрос - насколько безопасно для продвижения разрабатывать SPA сайт?

Ввиду внедрения этой технологии проблем быть не должно. Могут возникнуть проблемы только если будут нарушены общие технические требования Яндекса к сайту.