Заметил, что с середины марта у меня начался резкий скачок трафика, которые ГА определяет как «прямые переходы». Было 450 посетителей в сутки, за счет этих скачков стало 1700, количество отказов увеличилось с 43% до 88%! Переходы осуществляются в основном на главную страницу, страницу «о компании» и карту сайта. Мой сайт сейчас находится в топ 3 по ВЧ, так что я уверен, что это происки конкурентов с целью понизить мой сайт. Что вы рекомендуете делать в подобных ситуациях?

Как правило, ПФ накручивают с помощью переходов из поиска. Если вы уверены в том, что это именно накрутка, нелишним будет направить из Вебмастера запрос в техподдержку с указанием проблемы. В случае накрутки это фактически единственная мера, которую вы можете предпринять.
Я бы еще предварительно проверил корректность установки кода ГА, чтоб исключить вероятность ошибки.